Bảo Yên là một xã trung du của huyện miền núi Thanh Thuỷ, năm ở phía Nam huyện, có diện tích tự nhiên 5,03 km2 ; mật độ dân số 960 người/km2 trải dài theo tả ngạn Sông Đà với chiều dài 2,8 km. Bảo Yên có địa giới phía Bắc giáp thị trấn Thanh thuỷ, Phía Tây giáp xã Sơn thuỷ, phía Nam giáp xã Đoan Hạ, phía đông giáp Sông Đà và xã Thuần Mĩ của huyện ba Vì thành phố Hà Nội. Xã Bảo Yên cách trung tâm huyện 2km về phía Nam.
Cũng giống như các xã khác trong huyện, Bảo Yên thuộc một phần của Quốc gia Văn Lang, nhà nước đầu tiên của dân tộc Việt Nam do các Vua Hùng xây dựng. Nằm dọc theo bờ con Sông Đà đã bao đời bồi đắp cho Bảo Yên những dải phù sa mầu mỡ, ngày nay đã trở thành những cánh đồng ngô lúa tốt tươi.
Do có diện tích tự nhiên khá thuận lợi nên từ rất sớm Bảo Yên đã là địa bàn cư trú của một số người từ nới khác đến sinh sống. Đời sống chủ yếu là trồng lúa, ngô, chăn nuôi gia súc, gia cầm, kiếm cá trên Sông Đà và trên cánh đồng vào thời kỳ ngập lụt.
Trải qua các thời kỳ lịch sử địa danh, địa giới đã có những thay đổi, thời đầu nhà Nguyễn có tên là Bảo Khang, sau Cách mạng tháng 8 huyện Thanh Thuỷ có 5 tổng 3 làng hợp nhất thành 9 xã. Xã Bảo Yên hiện nay được gọi là xã Phú Cường đến năm 1964 thực hiện Quyết định 299/QĐ-BNV của Bộ nội vụ. Xã Phú Cường được đổi tên là xã Bảo Yên.
Trước Cách mạng tháng 8/1945 có tên là Bảo Khang ba làng hợp lại gồm: làng Viễn Lãm, làng Bảo Yên và làng Thượng Lộc. Được chia thành 3 giáp ở liền kề nhau, có gianh giới làng bằng luỹ tre, hồ đầm và được tạo thành một quần thể dân cư sống đông đúc theo ven con Sông Đà là chủ yếu.
Sau Cách mạng tháng 8 Nhà nước ta có chủ trương xoá bỏ các cấp trung gian Tổng, Phủ, Châu. Mở rộng phạm vi cấp xã, mỗi xã nhỏ là một thôn. Thực hiện quyết định đó năm 1947 hai thôn Phù Lao, Sơn Vi xã Sơn Thuỷ hiện nay sát nhập vào thành 5 thôn và đổi tên thành xã Phú Cường. Năm 1954 chuẩn bị công tác phát động quần chúng giảm tô, xã Phú Cường tách thôn Viễn Lãm, thôn Sơn Vi cùng với thôn Thuỷ Trạm (xã Đoàn Kết) thành xã Sơn Thuỷ. Thời gian này xã Phú Cường có 3 thôn: Bảo Yên, Thượng Lộc, Phù Lao. Năm 1955 các xã trong huyện lại có sự điều chỉnh, tách huyện Thanh Thuỷ từ 9 xã tách ra thành 15 xã. Như vậy xã Phú Cường tách thôn Phù Lao về xã Sơn Thuỷ, thôn Viễn Lãm về lại xã Phú Cường. Cũng từ đây xã Phú Cường có 3 thôn là: Thượng Lộc, Bảo Yên và Viễn Lãm.
Năm 1964 đáp ứng nguyện vọng của chính quyền và nhân dân địa phương, Bộ Nội vụ nước Việt Nam dân chủ cộng hoà ra Quyết định số 294/NV cho 9 xã đổi tên mới, trong đó có xã Phú Cường. và từ đây xã Phú Cường được đổi tên là xã Bảo Yên.
Ngày 26/01/1968 Uỷ ban TV Quốc hội ra Nghị quyết số 58/QH hợp nhất 2 tỉnh Vĩnh Phúc và Phú Thọ thành tỉnh Vĩnh Phú, xã Bảo Yên thuộc huyện Thanh Thuỷ tỉnh Vĩnh Phú.
Ngày 05/7/1977 Hội đồng Chính phủ nước CH XHCN Việt Nam ra Quyết định số 178/HĐCP về hợp nhất các huyện thuộc tỉnh Vĩnh Phú. Huyện Thanh Thuỷ hợp nhất với huyện Tam Nông thành huyện Tam Thanh., xã Bảo Yên thộc huyện Tam Thanh tỉnh Vĩnh Phú.
Ngày 24/7/1999 chính phủ ra Quyết định số 54/CP chia tách huyện Tam Thanh và huyện Thanh Thuỷ được tái lập theo địa dư cũ.
Cũng như một số xã khác trong huyện, xã Bảo Yên là vùng đất cổ thuộc đất đai của Quốc gia Văn Lang, nhà nước đầu tiên của dân tộc Việt Nam. Một số thư tịch cổ và chuyện kể trong dân gian đã chứng minh được điều đó.
Ngoài đường tỉnh lộ 317 đi qua xã còn có 2 ngòi tiêu chảy từ Hoàng Xá ra sông và từ Sơn Thuỷ ra Sông Đà theo hướng Tây – Đông đồng thời cũng là biên giới Bảo Yên với Đoan Hạ và Bảo Yên với thị trấn Thanh Thuỷ.
Bảo Yên có tổng diện tích tự nhiện 5,03 km2 với tổng dân số trước Cách mạng tháng 8 là 2156 người có 1121 xuất đinh. Tính đến hết tháng 6/2013 toàn xã có 1.174 hộ với 5611 nhân khẩu (trong đó có 104 hộ với 542 khẩu theo đạo thiên chúa giáo) được chia thành 9 khu hành chính. Đảng bộ có 193 đảng viên, sinh hoạt ở 13 chi bộ (9 chi bộ khu dân cư, 3 chi bộ giáo dục, 1 chi bộ cơ quan) người dân trong xã sinh sống quây quần bên nhau chủ yếu theo bờ Sông Đà và đường tỉnh lộ 317.
Trong tổng số 503,06 ha đất tự nhiên thì có 288 ha đất sản xuất nông nghiệp chiếm 57,2%, còn lại là các loại đất khác. Bình quân nhân khẩu 980m2/ người.
Bảo Yên năm ở đất bãi phù sa Sông Đà trong vùng tiểu khí hậu nhiệt đới nóng ẩm, nhiệt độ trung bình 220c, lượng mưa trung bình 1400mm – 1600mm/ năm, độ ẩm bình quân 85%. nhìn chung Bảo Yên có điều kiện tự nhiện tương đối thuân lợi để phát triển nông nghiệp. Trước Cách mạng tháng 8/1945 sản xuất nông nghiệp của xã chủ yếu phụ thuộc vào thiên nhiên. Hàng năm thường bị thiên tai, lũ lụt đe doạ nhất là mỗi khi mùa lũ về toàn bộ làng quê, đồng ruộng chìm trong biển nước với cảnh " Sống ngâm da, chết ngâm xương" kéo dài từ 3 đến 4 tháng /năm. Cũng từ nỗi khổ cực đó nhân dân trung lòng đã cùng với nhân dân các làng khác thường xuyên cùng nhau đầu tư công sức đắp đê, đào ngòi cái và các ngòi con để tiêu nước cho các khu đồng sâu trũng hoang rậm.
Trước Cách mạng tháng 8 Bảo Yên vẫn là xã nhỏ, đất đai canh tác ít lại tập chung trong tay một số địa chủ, cường hào ngoài ra còn một số loại ruộng đất khác như: ruộng đình,ruộng chùa, ruộng phe, ruộng giáp. Người nông dân chủ yếu sống vào nông nghiệp nhưng người dân lại có rất ít ruộng để sản xuất; một số người không có ruộng đất phải đi làm thuê, làm mướn cho địa chủ, cường hào kiếm sống qua ngày. Ngoài ra còn có một số chuyên đi Sơn Tràng lấy giang, lấy nứa bán kiếm sống hoặc kiếm cá trên đống khi mùa lũ về. Nói chung cuộc sống của đại bộ phận nhân dân vô cùng cực khổ đói ngèo.
Do tình hinh kinh tế vô cùng khó khăn nên việc học hành rất ít, thời điểm trước Cách mạng tháng 8 là xã có trên 90% người dân bị mù chữ. Suốt thời kỳ từ thế kỷ thứ XIX đến đầu thế kỷ thứ XX thực dân Pháp cũng không quan tâm gì tới việc mở trường học .
Những lúc bấy giờ đi đôi với việc chống giặc ngoại xâm, việc chống giặc dốt được tiến hành tích cực nên đã cơ bản xóa được nạn mù chữ từ năm 1949, lúc đó vừa tản cư trong rừng xong trường phổ thông cấp 1, cấp 2 trong xã vẫn được tổ chức học tập.
Kinh tế đã thấp kém, việc ăn ở chưa hợp vệ sinh nên dịch bệnh tả lỵ, thương hàn, đau mắt hột thường xuyên sảy ra. Người dân ốm đau, bệnh tật không có cơ sở khám và điều trị, mà chủ yếu dùng thuốc nam theo kinh nghiệm dân gian và chữa bệnh bằng bói toán trừ tà ma, cầu cúng nên rất nhiều người bị chết oan do không được cứu chữa kịp thời.
Trước đây trên địa bà xã có 3 ngôi đình, 3 ngôi đền, 3 ngôi chùa của 3 thôn. Do chiến tranh và thời gian tàn phá các ngôi đình, đền, chùa bị hư hỏng, xuống cấp. Trong thời gian chống Mĩ một số ngôi đình, ngôi chùa được chuyển sang làm lớp học hoặc làm nhà kho Hợp tác xã, cửa hàng HTX mua bán. Hiện nay nhân dân các thôn đã khôi phục lại bằng sự hảo tâm đóng góp của nhân dân và con cháu xa quê hương phát tâm công đức.
Hiện nay các ngôi đình, đền đã được UBND tỉnh công nhận xếp vào di tích lịch sử văn hóa cấp tỉnh:
Cụm di tích lịch sử văn hoá đình, đền làng Viễn Lãm
Di tích lịch sử văn hóa đình Long Phụng làng Bảo Yên
Cụm di tích lịch sử văn hóa Đền Xuyên kỳ xuyên, chùa Hưng phúc làng Thượng Lộc.
Theo tục lệ hàng năm các cụm di tích đều mở tiệc làng, lễ rước kiệu và chơi các trò chơi dân gian như bơi chải, đánh đu, kéo co, cờ tướng …
Như đền Xuyên kỳ xuyên mở tiệc vào ngày 8 tháng giêng âm lịch hàng năm; Đình Long Phụng Bảo Yên mở tiệc vào ngày 12 tháng giêng âm lịch hàng năm; Đình làng Viễn Lãm mở tiệc vào ngày 10/2 âm lịch hàng năm.
Sau khi cơ bản hoàn thành việc xâm lược Việt Nam, thực dân pháp lập bộ máy cai trị từ trung ương đến địa phương. Tỉnh Phú Thọ nói chung và xã Bảo Yên nói riêng không nằm ngoài sự kiểm soát của thực dân Pháp, lúc bấy giờ xã hội xuất hiện nhiều tầng lớp mới như quan lại, cường hào, thương nhân, người buôn bán nhỏ. Thực dân Pháp lập ra các lý trưởng, trương tuần và duy trì các hủ tục lạc hậu như đình đám, cưới xin, ma chay, rượu chè, thuốc phiện…. để bóc lột người dân đến tận xương tủy. Cuối thể kỷ XIX đầu thế kỷ XX đạo thiên chúa giáo du nhập vào địa bàn huyện Thanh Thủy, trong đó đã có một số người dân xã Bảo Yên đi theo tôn giáo này tập chung chủ yêu ở khu 1 và khu 2. Nhằm tạo điều kiện cho bà con giáo dân đi lễ được thuận lợi trong thời gian đó đã xây dựng một nhà thờ và thành lập họ giáo Thượng Lộc thuộc giáo sứ Phù Lao. Các gia đình theo đạo thiên chúa đã sống quây quần bên nhau thực hiện “ tốt đời đẹp đạo” “ kính chúa yêu nước” "đồng hành cùng dân tộc".
Tuy cuộc sống còn gặp rất nhiều những khó khăn, xong nhân dân trong xã không phân biệt “lương” “ giáo” đã bao đời các thế hệ người dân trong xã sống đoàn kết, thương yêu, đùm bọc lẫn nhau, đoàn kết giúp đỡ nhau klhi có việc vui, việc buồn. Song dưới ách thống trị của thực dân phong kiến, người dân trong xã sống cuộc đời lầm than, nô lệ, làng xóm tiêu điều, xác sơ. Không cam cảnh làm trâu ngựa nhân dân Phú Cường đã nhiều lần nổi lên hưởng ứng các phong trào yêu nước chống pháp của các sỹ phu yêu nước đứng lên lãnh đạo.
Ngày 12/4/1884 Pháp đem quân hạ thành Hưng Hóa, hưởng ứng lời kêu gọi của Hịch cần vương và các phong trào yêu nước của các sỹ phu Nguyễn Quang Bình, Nguyễn Văn Giáp nhân dân Bảo Yên và nhân dân huyện Thanh Thủy nhiệt tình ủng hộ nghĩa quân vừa tiếp tế lương thực vừa tham gia trực tiếp để góp phần đánh giặc giữ làng, giữ nước. Mặc dù trang bị vũ khí còn thô sơ song với lòng yêu nước sâu sắc lại được sự ủng hộ nhiệt tình của đông đảo nhân dân nên nghĩa quân đã gây cho địch nhiều tổn thất nặng nề, trong đó có người dân Bảo Yên đã tham gia trận đánh ở Mỏ Giang - Sơn Vi tiêu diệt hàng trăm tên địch.
Bị tổn thất nặng nề giặc pháp đã tổ chức nhiều cuộc càn quét, bao vây tiêu diệt nghĩa quân, do lực lương chênh lệch, tổ chức chưa chặt chẽ và thiếu kinh nghiệm lại hoạt động riêng rẽ nên chúng dùng thủ đoạn chia rẽ nội bộ, tìm cách dụ dỗ, lôi kéo người nhẹ dạ cả tin. Trong một trận chiến đấu không cân sức hầu hết những người lãnh đạo đều bị bắt, bị giết và cuộc khởi nghĩa thất bại.
Vốn có mâu thuận sau sắc với giai cấp địa chủ, nay lại them mối hận sâu sắc với thực dân Pháp nên nông dân Thanh Thủy, trong đó có nông dân Phú Cường là lực lượng chủ yếu cùng với các phong trào yêu nước chống ngoại xâm. Vì vậy từ khi có Đảng ra đời đã lãnh đạo cách mạng, nông dân Phú Cường đã hăng hái đi theo ngọn cờ của Đảng và trở thành động lực chính của cuộc đấu tranh giành chính quyền về tay nhân dân.
Các phong trào yêu nước đấu tranh chống thực dân Pháp của nhân dân ta nói chung trong đó có sự tham gia của nhân dân xã Phú Cường huyện Thanh Thủy trước khi có Đảng Cộng sản lãnh đạo cuối cùng đều thất bại. Nhưng những biểu hiện đó đã thể hiện rõ truyền thống anh hùng kiên cường bất khuất trước kẻ thù xâm lược. Tấm gương yêu nước của các bậc tiền bối vừa là niềm tự hào của nhân dân cả nước nói chung, trong đó có nhân dân xã Phú Cường nói riêng. Đồng thời cũng là tiền đề cho sự hình thành và phát triển của phong trào cách mạng ở địa phương sau này khi Đảng ra đời và lãnh đạo cách mạng Việt Nam.